Die erste jüdische Gemeinde in Potsdam wurde 1740 gegründet. 1743 kam ein Begräbnisplatz auf dem heutigen Pfingstberg dazu. Jechiel Michel wurde 1760 Potsdams erster Rabbiner. Im Jahr 1767 baute die Gemeinde ihre erste Synagoge in der Plantage Nr. 1 im Hinterhaus. Zu diesem Zeitpunkt gab es 34 Männer, 36 Frauen und eine nichtgezählte Menge an Kindern in der jüdischen Gemeinde. Doktor Samuel Apolant übernahm 1851 das Amt des Rabbiners in der zweiten, 1802 geweihten, Synagoge. Gleichzeitig wurde der jüdische Frauenverein gegründet.
Die größte Synagoge der Potsdamer Gemeinde wurde 1903 am Wilhelmplatz - dem heutigen Platz der Einheit - eingeweiht. Diese Synagoge verfügte über 154 Sitzplätze für männliche und 162 Sitzplätze für weibliche Gemeindemitglieder. Die Orgel wurde bei den Gottesdiensten vom Organisten der Nikolaikirche gespielt. Während des Novemberpogroms 1938 erlitt das Gotteshaus schwere Schäden und wurde im April 1945 bei einem Luftangriff nahezu vollständig zerstört. Die verbliebene Ruine wurde 1957 für eine Wohnbebauung abgetragen. Heute erinnert eine Gedenktafel an die Synagoge.
Nach der politischen Wende in Deutschland ließen sich jüdische Emigranten aus der ehemaligen Sowjetunion in Potsdam nieder. 1991 wurde die Jüdische Gemeinde Land Brandenburg e.V. - deren Mitglieder in Brandenburg, Potsdam und im Aufnahmeheim Ahrensfelde untergebracht waren - gegründet. Zum Vorsitzenden wurde der Orthopäde Doktor A. Kogan gewählt. Zwei Jahre später, im November 1993 gelang es der Gemeinde, mithilfe des Kulturministers des Landes, Herrn Hinrich Enderlein, als Körperschaft des öffentlichen Rechts, anerkannt zu werden. Da die Mitgliederzahl ständig stieg, beschlossen die in Potsdam ansässigen jüdischen Einwohner 1996, eine eigene Gemeinde zu gründen. 2000 erfolgte die Eintragung in das Vereinsregister des Amtsgerichtes Potsdam. Die Jüdische Gemeinde Land Brandenburg wurde Dachverband.
Im Jahr 2005 wurde im Staatsvertrag des Landes Brandenburg mit dem Landesverband der jüdischen Gemeinden in Brandenburg die Unterstützung für den Bau einer Synagoge in Potsdam vereinbart. Mit der Grundsteinlegung am 8. November 2021 nahm dieses Vorhaben konkrete Gestalt an. Die feierliche Einweihung des Synagogenzentrums für die jüdische Gemeinschaft in Potsdam und Brandenburg folgte am 4. Juli 2024 im Rahmen eines Festakts in Anwesenheit des Bundespräsidenten Frank Walter Steinmeier.
Mit dem Bau des Synagogenzentrums entstand für die jüdischen Gemeinden in Potsdam ein rituelles und kulturelles Zentrum. Entworfen nach Plänen des Architekten Jost Haberland, verbindet das Gebäude eine architektonisch und technisch moderne Gestaltung mit einer jahrhundertelangen Tradition im Synagogenbau.
Das Synagogenzentrum wurde bis 2027 an die Zentralwohlfahrtsstelle der Juden in Deutschland übergeben, die den Betrieb für diesen Zeitraum übernimmt und die Nutzung durch die beteiligten jüdischen Ortsgemeinden sicherstellt.
Die Synagoge ist nach der im August 2021 eröffneten Kleinen Synagoge des Europäischen Zentrums Jüdischer Gelehrsamkeit an der Universität am Neuen Palais, das zweite neue jüdische Gotteshaus in Brandenburgs Landeshauptstadt seit der Shoa.
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